Por el clima oceánico de la ría de Vigo, el tiempo en las islas cíes está marcado por unas temperaturas medias de quince grados centígrados, con máximas de veinte y mínimas de diez en los meses más fríos. En cualquiera de sus islas (Monteagudo, do Faro y San Martín), las precipitaciones son menos intensas que en la costa, con periodos de sequía durante el verano. No obstante, las lluvias son frecuentes en otoño e invierno, con un promedio de mil milímetros al año.
Para visitar las Cíes, el verano es la época predilecta del grueso del público turista, coincidiendo con el punto álgido de la temporada alta, que inicia en mayo y concluye en septiembre. No hay mejor momento para disfrutar de las actividades al aire libre, como el senderismo, el esnórquel, el kayak, el buceo, etcétera.
En especial, el ocio acuático se disfruta gracias a las temperaturas moderadas, el mar bonancible y la ausencia de precipitaciones (si bien las tormentas puntuales e incluso la bruma pueden hacer acto de presencia).
Por el contrario, la masificación de playas como Rodas, Cantareira o Figueiras es alta, y tanto la autorización como el billete en barco deben reservarse con mayor antelación, debido a la fuerte demanda y el límite de visitantes al día.
En invierno, las Islas Cíes son una experiencia desconocida para la mayor parte de los viajeros. El mercurio no se desploma en ningún momento, y las temperaturas son moderadas durante la mayor parte de los días, aunque no por ella se pueda renunciar a las prendas de abrigo.
Es una época conveniente para los perfiles turísticos que valoren la tranquilidad y eviten las multitudes. Asimismo, los presupuestos ajustados podrán completar su visita accediendo a las mejores ofertas en vuelos, hoteles, restaurantes, etcétera, pues la oferta hostelera es limitada en la isla, aunque el Restaurante Praia de Rodas permanezca abierto durante los meses invernales.